本院歷史期刊共有五種,由國立教育研究院籌備處及國立教育資料館於民國73年、民國83年創刊的《教育人力與專業發展雙月刊》與《教育資料與研究》,因應網路閱讀趨勢,自104年起整併為兼顧教育理論與教學現場實踐之《教育脈動》電子期刊;另外兩種為國立教育資料館於民國65年創刊的《教育資料集刊》,主要探討歐、美、亞、澳等國教育政策與發展趨勢;以及本院於民國101年創刊的Asia Pacific Journal of Educational Development,聚焦亞太地區教育發展趨勢與新興議題,之後因配合政策規劃陸續停刊。
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